Може ли запазеният мозък на Алберт Айнщайн, нарязан на 240 части и съхраняван от смъртта му през 1955 г., да съдържа ключове към клетъчната основа на гениалността? Могат ли дълго замразени ракови тъкани, скрити в архивите на болниците в продължение на почти десетилетие, да разкрият тайните на еволюцията на туморите?
Китайски учени твърдят, че тяхната усъвършенствана техника за картографиране на РНК един ден може да направи такова проучване възможно. Екип от BGI-Research и партньорски институти е разработил Stereo-seq V2, усъвършенстван инструмент за пространствена транскриптомика, който може да анализира стари биологични проби, които някога са се считали за неизползваеми.
Методът успешно обработва ракови тъкани, съхранявани в лоши условия в продължение на почти десетилетие, което дава надежда, че дълго съхраняваните проби могат да бъдат използвани за нови научни открития.
„Ако имаме възможността да анализираме мозъка на Айнщайн, бихме могли да опитаме“, заявява Ли Ян, научен сътрудник в BGI-Research, пред South China Morning Post. „Но предизвикателствата са значителни, защото техниките за съхранение по онова време може да не са били много добри. Трудно е да се каже.“
Мозъкът на Айнщайн е бил съхранен с помощта на методи от средата на 20-ти век, много преди напредъка в генетичното съхранение, което прави неговата жизнеспособност несигурна. Все пак, пробивът на Stereo-seq V2 е важна стъпка към разкриването на ценна информация от стари клинични архиви.
Вдъхване на живот в историята
Традиционните биологични проби се съхраняват в блокове, фиксирани с формалин и вложени в парафин (FFPE) – икономични и стабилни в продължение на десетилетия, но често химически увредени.
Това разграждане ограничава анализа на ДНК и РНК, който е от решаващо значение, тъй като ДНК съхранява генетична информация, а РНК я превръща в протеини.
Stereo-seq V2 преодолява тези бариери, като подобрява ефективността на улавянето на РНК и използва химичен процес с произволен старт, за да постигне пълно покритие на гена, дори и в деградирали проби.
В изпитванията инструментът картографира РНК с резолюция на единична клетка, идентифицирайки подтипове на тумори и имунни реакции в стари ракови тъкани.
Съавторът Ляо Ша, главен технологичен директор на STOmics, казва, че екипът внимателно проверява пробите преди употреба. „Ако пробите са се разградили прекалено много, няма да можем да ги анализираме ефективно“, казва тя.
Освен в онкологията, платформата вече е доказала способността си да профилира едновременно РНК на гостоприемника и микробите в проучвания на туберкулозата, като предлага информация за това как патогените взаимодействат с имунната система във времето.
Разширяване на ценен архив
Болниците по целия свят съхраняват милиони FFPE проби, често в продължение на 20 години или повече. Досега голяма част от тази генетична информация беше заключена поради увреждане при съхранение. Ли заявява, че новият метод разширява набора от изследователски материали, достъпни за редки заболявания.
„Много редки заболявания изискват дълго време за натрупване на проби“, казва Ли. „Сега можем ефективно да използваме ценни проби, които са били съхранявани в продължение на дълъг период от време.“
Изследователите смятат, че този подход може да доведе до по-ранна диагностика, по-персонализирани лечения на рак и ретроспективни проучвания на архивирани проби.
Болниците могат също да проучат възможността за изграждане на съвместни лаборатории за обработка на проби на място, което ще намали рисковете от външни трансфери.
Макар перспективата за разшифроване на гения на Айнщайн да остава неясна, реалните приложения на Stereo-seq V2 са незабавни, като предлагат на учените по-прецизни инструменти за проучване на биологията на рака, инфекциите и редките заболявания, заключени в архивите на тъкани.
Проучването е публикувано миналия месец в списание Cell.
Източник: InterestingEngineering
